蛋白消化是蛋白分析中的必要步骤，由于涉及实验重现型和灵敏度，因此这个步骤需要采用自动化操作。德国Intavis 公司的DigestPro MSi可以对凝胶或者溶液样品进行还原，烷化，银还原以及完成所有的清洗步骤。此外，多肽溶液还可以通过ZipTips®或者采用类似反相技术的吸嘴完成脱盐和浓缩。最终，样品可以被自动点样到MALDI基板上或者转移到LCMS的样品瓶中。
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